Dann beginnt der Zweite Weltkrieg und viele Mitglieder kehren aus dem Krieg nicht zurück. Die Boote können während der Kriegsjahre nicht mehr auslaufen. Es gibt keine Genehmigung und keinen Treibstoff mehr! Der Club erlebt einen Tiefstand und die Anlagen des Vereins verfallen. Nach dem Krieg beginnt man mit der Aufbauarbeit. Doch kaum begonnen, gibt es wieder einen Tiefschlag. Fast alle Boote waren in der Bootswerft Heumann untergestellt. Die Werft brannte mit allen darin gelagerten Booten nieder. Doch damit nicht genug: Aus dem Bootshaus Achterdiek wurden etwa 50 Boote gestohlen! Mit großem Mut gingen die Mitglieder ans Werk um das Zerstörte und Verlorene zu ersetzen. Mitglieder die noch ein Boot hatten und gerne wieder auf Hunte und Weser fahren wollten, durften es nicht. Die Gewässer waren nach dem Krieg lange Zeit für Sportboote gesperrt.

Das heutige Domizil des Yacht Clubs, auf der Buschhagenhalbinsel, war 1936 als Ausbildungsheim der Marine-Hitlerjugend errichtet worden. In der Marine-HJ erhielten die Jugendlichen vom OYC eine paramilitärische Ausbildung. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden in dem Haus Flüchtlinge untergebracht. 1952 stand dem Club das Haus wieder zur Verfügung. Es gehörte viel Mut dazu dieses desolate und zum Teil zerstörte Haus wieder herzurichten. Das Bootshaus Ehepaar Popanken bezog im oberen Geschoß eine Wohnung. Mit der Hilfe des Ehepaars und vielen fleißigen Mitgliedern des Vereins gelang es die Räume wieder herzurichten. Der Anleger am Jordan wurde 1953 aufgegeben und der Anleger zur Buschhageninsel geschleppt.

Mit großer Begeisterung richtete man sich auf der Halbinsel ein. Ein schöneres Revier hätte der Club nirgendwo in der Umgebung Oldenburgs finden können war die enhellige Meinung der Mitglieder.